Y por que no haces un join de tu vector (
http://ar2.php.net/manual/es/function.join.php), y luego en la consulta usas un in ("select id from usuario where id in ('".$tuVectorJoineado."')")?
Sino, si aún queres usar tablas temporales (lo cual en este caso no recomiendo), la creas como decis, y luego consultas sobre esta como si lo hicieras sobre una tabla comun.