Por lo que tengo entendido la version Pro de cuteftp es capaz de realizar lo que se llama modificacion recursiva de los permisos de una carpeta, de manera que los archivos internos tambien reciban los mismos cambios.
Existe otro porgrama que he escuchado hace lo que deseas en la actulidad:
http://www.flashfxp.com/
He leido que este programa es capaz de hacer cambios recursivos. Tengo entendido que la version 3 de Filezilla incluye esta opcion tambien.
No he tratado personalmente ninguno de los programas a los que hago referencia. Lo que he escrito es basado en lo que he leido en multiples foros parecidos a este. Mi mejor recomendacion es si tienes acceso al uso del Shell en tu cuenta de hospedaje, que trates los comandos para conseguir estos resultados. (es lo que personalmente utilizo!)