Me respondo a mí misma por si le sirve a alguien (aunque seguramente es una pavada).
Lo que hice fue insertar un link en mi marco principal haciendo que el destino se abra en el marco flotante y utilizando las mismas variables que están en ese html.
Queda algo así:
Código HTML:
<a target="I1" href="mi_codigo.php?uid=<%UID%>">Aqui voy al marco flotante para ejecutar mi php</a>
<iframe name="I1" width="534" height="78" src="" scrolling="no" style="background-color: #E1E1E1" border="0" frameborder="0">
El explorador no admite los marcos flotantes o no está configurado actualmente para mostrarlos.</iframe>
Ahi puedo recibir perfectamente mi $_GET[uid]
Debe una mejor forma para no tener que clickear en ese link pero estoy feliz
