a mi parecer podés usar esta funcion de php
Código PHP:
$texto=str_replace("<br />", "", $texto);
suponiendo que solo quieras eliminarlos, pero si lo que quieras es cambiarlos por un salto de linea comun seria algo asi
Código PHP:
$texto=str_replace("<br />", "\r\n", $texto);
algo de eso, quizas modificado un poco te pueda servir, avisa si te sirvió