Coincido en que nada podemos hacer, pero también sería bueno que en los libros de posicionamiento como el que citas (o si haces el tuyo) las cosas que se digan por lo menos que estén argumentadas.
Lo de que Google indexe mejor páginas html que php (si es así que lo hace) sólo puede ser por los dos motivos que te cito (a mi entender):
1.- El tiempo de más que se necesita para procesar un archivo php (en el ejemplo que te indico sería general el HTML total incrustando los 3 includes no lo consume un archivo html (en todo caso son milisegundos). Pero como estamos hablando de un robot que visita páginas a una velocidad endiablada quizás esos milisegundos sí influyan.
2.- Porque así lo tengan establecido en sus prioridades, valoran más tener la extensión .html que tener la .php, como podrían valorar más las páginas que incluyan un enlace al propio Google, o como podrían penalizar las páginas que incluyen un enlace a
www.msn.com
Mi comentario viene en relación a que los dogmas de fe están bien para la religión o para decirlos los padres a los niños pequeños, pero en temas como este siempre es bueno citar experiencias o por lo menos razonamientos que puedan ser lógicos.