Todo esto junto en una pagina.php funciona bien.. espero le entiendas y lo puedas utilizar.
Código HTML:
<input type="text" name="cdciclo" id="cdciclo" size="20" maxlength="20" value="Escribe algo">
<input type="button" value="click" id="click" onclick="javascript:fx();">
Código PHP:
<?php
echo "<script languaje='JavaScript'>\n";
echo "function fx()\n";
echo "{\n";
echo " var varjava = document.getElementById('cdciclo').value;\n";
$javatophp = varjava;
echo "alert($javatophp)\n";
echo "}\n";
echo "</script>\n";
?>