Vamos a empezar desde cero... ve al agregar/quitar programas y desinstala todos los codec, packs de codecs y ffdshow, lo que tengas... Luego reinicia. Y finalmente instala los codec por separado.
Si así no va, prueba a instalar los
filtros ffdshow, y si sigue sin ir, tendrás que recurrir al videolan vlc...
El problema es que windows 98 no es la mejor plataforma para manejar vídeo, da muchos problemas y creo que es lo que te ocurre. Lo ideal es un XP o como poco un 2000... Por cierto, ¿qué velocidad de procesador tienes y cuánta RAM?