Definitivamente, para mi, PHP y MySql. Migrar de Access y MySql no es dificil, hay unos script que hacen bien el trabajo, incluso en el sitio de MySql encontraras un programa para dicha migracion. Sugiero hagas todo la migracion en Windows y cuando tengas lista la migracion genera un script sql de extraccionde metadatos y cargas dicho archivo al MySql en Linux.
Herramienta de migracion:
http://dev.mysql.com/downloads/migra...olkit/1.0.html
Tutorial (video en ingles):
http://www.mysql.com/products/migrat...nTutorial.html