para mi la mejor manera de almacenar esos datos de configuración es en una base de datos. aunque se podría hacer un "híbrido" con una "cuqui"... ¿no?
o sea, la configuración que el usuario eligió se guarda en una tabla y en una "cuqui". Al acceder, verificás la cookie. Si tiene los valores, pues los "agarrás" desde allí. Si no los tiene, "mirás" en la configuración personalizada que tiene en la tabla, rellenas la cookie y tomás los datos desde allí.
será viable?