Hay una etiqueta que podes usar para que los monoteres que no puedan interpretar javascript les pongas un código alternativo, usando la etiqueta NOSCRIPT:
< SCRIPT>
Todos tus códigos javascript
</SCRIPT>
<NOSCRIPT>
contenido indexable (para los buscadores por ejemplo)
</NOSCRIPT>
De todas formas si queres usar javascript parar redireccionar te recomiendo lo que yo hice con un sitio que me funciona bien:
En la página en donde está la redirección pone un enlace como <a href="pagina.htm">entrar al sitio</a>
De esta forma los buscadores van a encontrar las demás páginas. También no dejes de poner texto en esta página y el título.
Con eso te vas a asegurar que los buscadores no tengan problemas en indexarte.