Código:
sqlUp = "UPDATE Factura Set ClaveArtCMK= ' " & rsCMKArt("Clave") &" ' Where Descripcion='" &TRIM(rsFact("Descripcion")) & " ' "

Bueno, en primer lugar intenta no poniendo la propiedad commandtimeout, a menos que realmente la quieras controlar, pero me parece que no es el caso.
2. Espero estar equivocado...pero por que estas comparando contra un campo de descripcion?
Esto puede ralentizar mucho tu sistema y para mi gusto habla de una base de datos no normalizada, regularmente quisieras tener un id para manejar este tipo de transaccion, el comparar contra un campo de texto, que puede ser una descripcion se me hace un metodo demasiado riesgoso.
3. Hazte un response.write de ese query y ve que la salida sea la correcta.
Salu2,