Algo es seguro... no puedes darle el mismo name a todos los checkboxes...
Debes darle names diferentes (podría ser el mismo name+"contador") ó usar matricez.
Algo de eso se trató aquí:
http://www.forosdelweb.com/f18/como-procesar-todos-checkbox-294560/ http://www.forosdelweb.com/f18/ayuda-con-arreglo-290090/
... pero no entendí bien cómo es que quieres que se recojan esos datos e insertarlos en la BD:todos juntos en un campo??, un registro por check?, todos los check como un registro?; todas esas posibilidades se plantean en los enlaces que dejé, espero te ayuden en algo... si hay problemas aclara cómo es que quieres guardar.
Suerte!