En principio .. la lectura de archivos es secuencial .. así que o añades algo al final .. o tienes que leer todo el archivo de principio a fin sobre una variable para luego trabajar dicha variable con funciones de tratamiento de strings (cadenas).
De hecho .. puedes usar:
fopen() .. fgets() .. (
www.php.net/fgets para ejemplos)
y de ahí como ya obtendras una $variable con el contenido de tu archivo como un string .. puedes aplicar una función de reemplazo de texto tipo:
str_replace() .. o bien alguna de expresiones regulares si tu patrón es más complejo que un "*" a sustituir.
También tienes sistemas de "motores" de gestión de "templates" que hacen ya todo eso por tí .. incluido hasta sistemas de control de caché .. Por ejemplo:
NokTemplate (facil y en castellano para que veas la base de todo este tema).
Smarty (De lo más completa y usada ...)
Todo depende de la complejidad de tu "patrón" a buscar y sustituir en tu texto original .. con las funciones básicas que te mencioné al comienzo te sobrará .. o si reamente es más complejo el tema o quieres darle más versatilidad .. usa un "motor" de gestión de "templates" ya implementado (o te lo diseñas tu .. pero no es necesario re-inventar la rueda en muchos casos..)
Un saludo,