Gracias DINASEN por tu ayuda
Ya he conseguido solucionarlo, creando correctamente el array en javascript en primer lugar, y guardando una a una en cada posicion. Solo falta incluir los bucles
Código PHP:
<?php
$varphp[0][0] = "lg"; //vector bidimensional donde meto marcas y productos de cada marca
$varphp[0][1] = "flatron"; //estos son modelos de la marca LG
$varphp[0][2] = "stim32";
$varphp[0][3] = "hngfg";
$varphp[1][0] = "sony";
$varphp[1][1] = "fgh21"; //estos son modelos de sony
$varphp[1][2] = "gto45";
?>
<script languaje="JavaScript">
var varjavascript = new Array () //creo el array
varjavascript[0] = new Array () //creo la primera dimension de la matriz
varjavascript[1] = new Array () //creo la segunda dimension de la matriz
varjavascript[0][0] = "<?php echo $varphp[0][0]; ?>"; //introduzco las variables en php dentro la matriz en javascript
varjavascript[0][1] = "<?php echo $varphp[0][1]; ?>";
varjavascript[0][2] = "<?php echo $varphp[0][2]; ?>";
varjavascript[0][3] = "<?php echo $varphp[0][3]; ?>";
varjavascript[1][0] = "<?php echo $varphp[1][0]; ?>";
varjavascript[1][1] = "<?php echo $varphp[1][1]; ?>";
varjavascript[1][2] = "<?php echo $varphp[1][2]; ?>";
//document.write(varjavascript[1][2]);
//alert(varjavascript);
</script>