Bien es sencillo hacerlo se puede hacer de varias formas, te comento algunas que las puedes hacer siendo root.
Pudes desactivar el php en un dominio en particular editando el archivo de configuración del apache httpd.conf, buscas el virtual host que deseas desactivarle el php y agregale esta linea
php_value engine off
guarda los cambios y reinicia el apache. Ahora el sitio ese tendrá el motor de php desactivado.
Ahora bien, para los scripts cgi puedes hacer lo siguiente. Los cgi y los pl corren dentro de la carpeta cgi-bin del dominio en cuestión (pueden correr también fuera de esta carpeta con un Script Alias de apache, pero bueno para hacer eso tu le tienes que dar ese permiso en el apache que no viene al caso)
Para evitar correr cualquier tipo de archivo cgi pl o lo que sea que este dentro de la carpeta cgi-bin del dominio, crea un archivo .htaccess, colocalo en el directorio donde se encuentra el sitio web que deseas bloquear y agregale la siguiente linea en su interior:
RedirectMatch 301 /cgi-bin/
http://sitio.com/prohibidocgi.htm
Con esto cada peticion que se haga al dominio.com/cgi-bin será redireccionado a una pagina que vos definas en alguna parte que muestre un cartel de que el cgi/perl esta desactivado. Por mas que pongas el path completo del script que el usuario subio por ftp a esa carpeta lo redirecciona a la pagina predefinida o sea no da oportunidad a nada.
Ahora si tienes paranoia total
con el usuario puedes colocar todo esto en el .htaccess:
php_value engine off
RedirectMatch 301 /cgi-bin/
http://sitio.com/prohibidocgi.htm
RedirectMatch 301 (.*)\.php
http://sitio.com/prohibidophp.htm
RedirectMatch 301 (.*)\.php3
http://sitio.com/prohibidophp.htm
RedirectMatch 301 (.*)\.php4
http://sitio.com/prohibidophp.htm
RedirectMatch 301 (.*)\.phtml
http://sitio.com/prohibidophp.htm
Todo lo que tenga extensión .php, php3, php4, phtml va a ser redireccionado a un sitio que avise que el php no va a funcionar, mas allá de que este el motor desactivado.
Saludos, cualquier cosa pregunta
