No estás inicializando el array y estás asignando valores a ninguna posición del array...
Prueba con esto
Código PHP:
<?php
$imagen = array();
$imagen[0]="flames1.jpg";
$imagen[1]="flames2.jpg";
$imagen[2]="flames3.jpg";
$aleatoria=rand(0,count($imagen)-1);
echo “<a href=".$imagen[$aleatoria]."><img src="/images/flames/$imagen[$aleatoria].” /></a>\n";
?>
Espero que te sirva, un saludo.