Es peligroso .. pero para hacer lo que pretendes debes usar algún comando tipo:
sudo
http://www.courtesan.com/sudo/
cambiarte al usuario que requieras (root o el que corresponda que tenga permisos para hacer lo que necesitas) y de ahí al terminar la ejecución de tu resto de comandos .. volver a dejar todo como estaba (al usuario que use PHP .. Apache o el que corresponda).
Todo esto es peligroso por qué vas a dejar en tus scripts PHP la contraseña nada menos que de tu "root" .. Sería ideal que diseñes un script en Perl o C (o un Bash) y con PHP lo llames a ejecutar y que este haga todo el proceso pero no PHP directamente. Por lo menos así es como trabajan la mayoría de aplicaciones PHP que intervienen algo sobre el S.O. por ejemplo algunos Webmail en PHP tienen scripts en Perl muy concretos para hacer cosas como crear cuentas de e-mail (si son de usuarios del S.O.) .. etc.
Un saludo,