Para que leas ficheros grandes, siempre que éstos sean tipo texto plano, está bien que uses FileReader y BufferedReader, pero para que leasficheros PDF tienes que usar una herramienta tan útil como la librería iText, que es una librebría gratuita que transforma ficheros PDF a texto y viceversa... revisa esta URL:
www.lowagie.com/iText
o el mismo Acrobat Reader for Java en esta otra URL:
http://www.adobe.com/products/acrvie...me=Accept#java