acceso a carpetas restringidas por ftp

[goblin]

Tengo una duda acerca de la restricción de acceso a carpetas.

Entiendo que se puede acer mediante el uso de los archivos .htaccess o mediante Directory configurando Apache.

Ésto funciona cuando se desea tener acceso a las carpetas usando protocolo http, es decir, normalmente por navegación.

Mi duda es la siguiente; ¿funciona igual si se quieren acceder las carpetas usando otro protocolo, por ejemplo, ftp?.

Explicando...

Si alguien puede acceder al servidor donde se hospeda mi sitio Web, mediante FTP usando usuario Anónimo o usando un usuario que esté dentro del mismo grupo, puede acceder a las carpetas que están protegidas con .htaccess o Directory? (teniendo en cuenta que las carpetas tienen permisos de ejecución y lectura, para Grupo y para el Resto del Mundo).

Muchas gracias.