Si tus usuarios en tu sistema los autentificas vía LDAP no tendrás problema en usar las funciones de LDAP para autentificar tus usuarios de tus aplicaciones con los mismos datos de "login" de tu sistema Linux (o sistemas .. en general .. por qué LDAP se usa justamente para eso: unificar cuentas de usuarios en sistemas completamente diferentes, de hecho tienes LDAP hasta para windows (Active Directory creo que le llaman en Windows))
más info:
www.php.net/ldap
(pero antes tendras que crear tus usuarios en tu máquina Linux bajo LDAP instalado dicho servidor y creando tu estructura LDAP si corresponde).
Un saludo,