como limpiar un site de archivos antiguos

[Morgancito]

Hola a todos, me gustaría que alguien me ayudara con un problema que tengo:
Me han pasado la actualización y mantenimiento de un web site que ha pasado por muchas manos, y el árbol de directorios y archivos contiene versiones antiguas, copias de seguridad y archivos obsoletos que están mezclados con los que son válidos en el site actual.
¿Alguien conoce de una herramienta o método para depurar el sitio web y dejar solo los archivos que se están utilizando?
Ni siquiera tengo un mapa del sitio, por lo que de los 7000 archivos que existen en el servidor se estarán utilizando unos 2000 y me gustaría poder eliminar todo aquello que ya no sirve, o es copia de seguridad, para poder trabajar con el site limpio antes de empezar a hacer modificaciones.
Saludos y gracias a todos.