Como te dice claudiovega, la clave para eso es usar COM, sin embargo eso lo podrás hacer siempre y cuando trabjes sobre plataforma Windows.
Otra solución es usar un origen de datos ODBC, ahora no recuerdo si estaba aqui en las FAQ's o entro foro donde lei que podias hacer un ODBC desde Excel y pues seria mas facil pues trabajarìas directamente con bases de datos, un poqutio más transparente.
Ptra opción si es que no estás en plataforma Windows es que guardes tu archivo XLS en TXT separado por pipes o en formato CSV <- Este sería el mas adecuado pues php tiene funciones para trabajar con ese tipo de archivos, ya ya solo harias el script que abre el archivo y hace los cambios en la BD.
Suerte
Saludos desde Veracruz, México
