Ah pues bien sencillo para esas ocasiones las funciones ha usar son urlencode o rawurlencode.
Código:
"script.php?var=".rawurlencode("algo&que");
Para mas detalles visita la siguiente seccion del manual.
<a href='ir.asp?http://www.php.net/manual/en/ref.url.php' target='_blank'>http://www.php.net/manual/en/ref.url.php...</a>
Saludos.