mm Hace ya un tiempo participamos en un mensaje donde se trató el tema ...:
http://www.forosdelweb.com/f18/foro-temas-leidos-no-leidos-225049/
Fijate que hay várias soluciones .. una, la más simple a costa de recursos sería almacenar los mensajes que el usuario va visitando .. Otra como ya vistes expone lo que hacen estos foros que almacenan en cookies una cantidad determinada (por fecha) de "id's" de mensajes visitados .. lo cual no es lo más exacto pero si para un uso típico de un foro es lo más óptimo en cuanto a rendimiento (menos consultas a tus BD ... etc).
Un saludo,