Probablemente sea porque el formato utilizado sea html en vez de xhtml.
Deja de funcionar en un xhtml estricto.
Ejemplo: documento.xhtml
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.1//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml11/DTD/xhtml11.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="es" xml:lang="es">
<head>
<title>Untitled</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
</head>
<body onload = "document.getElementById('pepe').innerHTML = 'Hola Don Pepito'">
<div id="pepe"></div>
</body>
</html>
En el probador de codigos no es posible realizar la prueba. Debe ser un archivo xhtml.
Saludos