Con la función rename() cambias el nombre de un archivo o directorio.
Para más información puedes ir a:
http://es2.php.net/rename
En cuanto al número lo que yo haría sería crear un archivo .txt (numero.txt) donde siempre apareciera el último número. Luego lo único que tienes que hacer es:
Código PHP:
$numero = file_get_contents("numero.txt");
$nombreArchivo = $numero+1;
rename("a1.pdf",$nombreArchivo.".pdf");
Espero que te sirva.
Saludos,