Pues con virtualdubmod, streams -> stream list, das a ADD y añades ese AC3. Luego haces doble click encima del antiguo para que se deshabilite (se rayará). Después vas a Video -> Direct stream copy, y para acabar File -> Save as... y lo guardas con otro nombre.
PD: una pregunta, ¿de esa forma te conserva el sonido 5.1 o lo convierte a stereo?