Hola Aldo, gusto en saludarte por acá.
Claro se puede hacer un diseño para un menú web con recursos 3D, solo que el procedimiento es tan variado como los mismos diseños, para orientarte de mejor manera dejame saber si tienes une ejmplo de lo que te gustaría hacer.
En mi experiencia en la construcción de imagenes en 3D te puedo decir que es bastisimo lo que se puede hacer, pero siempre que llevo a cabo algo para la web con interactividad prefiero usar flash, para diseños como
este, como puedes ver el logo esta construido en 3D pero la cabecera es en photoshop, pudieras hacer lo mismo pero con animación en el logo y en los botones, esportandolo todo a flash.
Si tienes un ejemplo que mejor.
Saludos