PHP y dB: Otro dilema conceptual

[Casuis]

Hola a todos hace poco me toco hacer la tediosa tarea de mantener un proyecto parecido a una liga en fin... El problema era q la base de datos estaba muy mal diseñada y utilizaba anidamientos desde php, ningun problema siempre y cuando compruebes el casting pero yo creo q eso no es tarea para el codigo sino para la base de datos, total que se tubo que hacer el proyecto de nuevo (se pudo aprovechar los datos jeje) y solo por no asegurarse la integridad referencial, y como es eso?

Bien en mysql ahora(hace un tiempo) podemos utilizar el tipo de tablas INNODB en contra de MYISAM,
las INNODB son más lentas que las MYISAM pero soportan transacciones y se pueden referenciar es decir, el tipico foreign key con modalidades on delete cascade/null ...
es decir podemos conseguir integridad referencial asi q si lo hacemos bien podemos pasar al codigo sin tener que preocuparmos más por la base de datos.

-- STORE PROCEDURES --

Los Store Procedure la version 5 de mysql ya la incorpora aunque si lo que quieres es utilizarlos con más robustez puedes migrar de mysql a postgresSQL. El inconveniente principal de los Store Procedure es que son dependientes de la base de datos, es decir la programación en Oracle será diferente a DB2 o postgresSQL así que si trabajamos con ellos tendremos que tener en cuenta que nos hacemos dependientes de la base de datos... en fin procesaremos más rápidos los datos pero seremos más dependientes del sistema gestor de BBDD.