Por renombrarla no deberias tenere problemas si tu hosting soporta PHP, que supongo que si, en cuanto a donde debe ir el codigo PHP, pues debe ir donde sea necesario, es decir, imagina que estas mostrando en una tabla los resultados de una consulta a una Base de Datos, pues el Codigo iria en la parte de la pagina en la que va la tabla, ademas puedes mezclar HTMl y PHP sin problemas, mirate
www.desarrolloweb.com , alli tienes un buen tutorial de PHP.
Suerte y saludos.
