Un buen editor/administrador SQL para el SQL particular de Mysql puede ser:
navicat
www.navicat.com
(es de pago y bajo windows)
Otro común y escrito en PHP:
phpMyAdmin
www.phpmyadmin.net
(gratuito)
Cita: ¿los datos mostrados unicamente pueden salir en recuadros formados por filas y columnas?
No te entendí ...
Pero .. no sé si conoces como funciona esta filosofía de desarrollo "cliente-servidor" que vas a implementar/usar.
PHP -> consulta a tus BD .. obtiene tus datos y aplica su lógica (php) ---> salida en HTML (lo normal) ..
A su vez interactuas con "PHP" para ingresar datos a tus BD .. o "pedir" datos a tus BD vía tu página HTML donde creas formularios, links y demás que le pases parámetros a tus scripts PHP los cuales a su vez generaran todo el SQL dinámico que necesites para consultar tu BD.
El "formato" de salida que dés dependerá de tu "cliente" .. lo normal será HTML; en HTML puedes dar un "formato" usando tablas, capas, CSS .. etc ... pero podría ser hasta un PDF.
Un saludo,