Tienes otros GUI para Mysql que te van a facilitar esa taréa si lo haces manualmente:
Navicat
www.navicat.com
(para windows)
Eso sí .. deberías aclarar si este proceso ha de hacerlo un script PHP tuyo de tu aplicación (como para que el mismo cliente suba su .txt por alguna parte y tu script PHP lo lea para procesarlo e ingreesar sus datos donde corresponda en tu BD) o lo vas hacer tu a mano con algún GUI genérico para gestión de Mysql con opción de importar datos.
Un saludo,