Ya que es un disco duro portátil te recomiendo USB 2, ¿por qué? pues porque hay muchos mas PCs con conectores USB 2 que Firewire.
Además la mayoría de dispositivos tambien funcionan en USB 1 (mucho más lento, claro) en un modo de compatibilidad, lo que aumenta todavía más las posibilidades de conexión (todos los PCs posteriores al año 2000 (o incluso antes) llevan USB de serie).
Respecto a la velocidad (según Wikipedia en español)
http://es.wikipedia.org/wiki/USB http://es.wikipedia.org/wiki/FireWire
USB 2.0 --> 480 Mbit/s
FW400 --> 400 Mbit/s
FW800 --> 800 Mbit/s
Finalmente te recomiendo que leas los dos articulos, porque en uno de ellos comentan que la corriente capaz de suministrar un FW es mayor que un USB y eso favorecería el uso de discos duros grandes. Si es verdad?, pues no lo se.
SALUDOS