Lo del Applet del tutorial es "firma de software", es algo distinto a la firma de un texto, etiquetas xml, etc, ya que la firma, certificado, ruta de certificación, CA, etc es comprobada por el SO cuando se ejecuta. Si te has fijado lo que haces es firmar el applet en local con una aplicación gratuita (Signcode.exe) que maneja los CPS's y almacenes de win, y que es especifica para "firma de software".
En el primer post te comente que lo que necesitas es precisamente una pasarela entre el navegador y los CSP de win que se instale en cliente (Applet, ActiveX, etc). Es la única forma de que un usuario firme algo, cifre con su privada, lo que tu pretendes hacer con php (lenguage de servidor) es firmar por él, instalandote su certificado en el servidor, resumiendo, suplantación.
Si quieres verlo funcionando entra en
Firmasonline y firma cualquier campaña, veras como se instala un ActiveX, que es el que te permite firmar en local, la privada solo la tienes tu, despues se almacena la firma en el server.