A ver si entendi
La variable de sesion es generada en el popup?
Si es asi, me parece que tendras que pasar el dato a la ventana padre como parametro, para esto necesitaras ocupar javascript, no me se de memoria la sintaxis, pero es algo como window.opener.form.campo = valor, date una vuelta por ese foro, a ver si te pueden orientar mejor.
Si no es esto, por favor explicate un poco mejor.
Salu2,