Las diferencias puedes verlas en esta tabla:
www.mundodivx.org/foro/tabla.php
En cuanto a qué te conviene... pues si quieres una peli en un único CD con calidad regular, el CVCD o VCD, si la quieres en buena calidad pero no te importa usar 2 ó 3 CD, entonces SVCD o CVD.
Lo del Nero, déjalo únicamente para grabar, pq convertir con él suele dar muchos problemas. Usa otro programa para hacer la conversión (como TMPGenc, Canopus Procoder, DVD#VCD) y el Nero lo dejas exclusivamente para grabar el archivo que obtengas.
Un saludo