Hola
pellagofio!!
Yo como lo hago, es entrar a la carpeta donde esta instaldo MySql, sería mas o menos esta la ruta
/mysql/data/, dentro de la carpeta data estan todas tus bases de datos disponibles, solo hace falta renombrar la carpeta de la base de datos que quieras modificar.
No estoy seguro si habrá alguna clausula que te permita cambiar el nombe desde la línea de comandos, pero la forma que te menciono arriba es una opción.
Suerte!