Hola
Basta que uses un reproductor que te permita cargarlos. Por ejemplo el bsplayer lo hace, asi que simplemente abres el vídeo, y luego usas la opción de cargar subtítulos.
En cuanto a grabarlo en VCD, sólo se puede si "pegas" los subtítulos al vídeo, pues el VCD no te admite subtitulos seleccionables. Puedes mirar por aqui:
www.mundodivx.com/subtitulos/index.php
Un saludo