Bueno si necesitas algo en la misma posición no debes usar porcentajes, los cuales son medidas relativas, si la pantalla está en 800x600 un 100% es 800x600 (un poco menos por los márgenes).
Tienes 2 opciones, o usas un JavaScript para que calcule el ancho que está usando el usuario en su navegador, y asigne una medida basada en ello, o asignas valores fijos a tu diseño.
Tienes tu tabla principal, métela dentro de un div align=center y a este asignale un width de digamos 780px (para que sea compatible a una resolución de 800x600), a partir de ahí ya asigna las posiciones absolutas dentro de este div.
Modifico un poco tu código:
Código PHP:
<DIV id="Layer1" style="width:780px;">
<div id="Layer2" style="position:absolute; width:31%; height:55%; z-index:1; background-color: #FF0000; layer-background-color: #FF0000; border: 1px none #000000;">
<img src="imagenes/imagen.gif" width="390" height="386">
</div>
<table width="100%" height="1226" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr>
<td width="399" height="1226" bgcolor="#0000FF"> </td>
<td width="400"> </td>
</tr></table>
</DIV>
Los valores de center y el ancho los pasé al div superior, entonces si asignas el 100% a la tabla pero 100% de esos 780px.
Le dejé por el momento al top y left porcentaje, pero mejor asigna números.
Para centrar todo ponle text-align: center; al body y ponle al div text-align: left; para que no herede el center.