El archivo en sí desde tu navegador no subirá por FTP, sino por HTTP (por si vas a buscar algo por ahí .. no lo busques por "FTP"). Que tu accedas a tu servidor (a su sistema de archivos) por FTP (protocolo) con tu cliente de FTP cualquiera .. no implica que para subir tus archivos desde tu navegador (página con un formulario HTML y su campo "file") implica que debas usar FTP .. Si tus archivos subidos quedan en el mismo servidor que ejecutas PHP (tus scripts PHP de proceso y demás) .. no usarás FTP para nada.
En las FAQ's del foro PHP tienes ejemplos para tal fin. También puedes leer la documentación de PHP al respecto:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Un saludo,