Podrías indicar el código que usas .. y que funcionalidad tiene.
No sé si hablas de tener ese "archivo.php" como un "almacen" (o librería) de funciones PHP/javascript ? .. o que concretamente.
En principio .. cualquier página podría ser tipo:
Código PHP:
<?
//código PHP
?>
<html>
<head>
<script languaje="javascript">
// tus funciones javascript ... <? // más código PHP >?
</script>
<?
// más código PHP ...
?>
</head>
<body>
<? // mas código PHP ...?>
</body>
</html>
En resumen .. si tu respetas donde incrustras tu código javascirpt en el contexto de una página HTML no tendrás problemas.
Un saludo,