dudas con las particiones

[meketrelere]

hola.
Tengo un disco duro dividido en tres particiones. En una de ellas tengo instalado el S.O. y en las otras datos diferentes.
Quiero formatear la particion del S.O. y antes voy a hacer una transferencia de archivos y configuracion de esta particion a una de las otras dos.
Me gustaria saber si al realizar el formateo y la nueva instalacion cabe la posibilidad de que me quede sin los datos de las dos particiones no formateadas.
Gracias.