Hola
Superlinux!
También puede ser que si quieres empezar en 1000 tu clave primaria, puedes insertar un registro al campo primario el valor de 1000.
Código PHP:
INSERT INTO mi_tabla (campo_clave, campo1, campo2, etc) VALUES (1000, 'campo1', 'campo2', etc);
La siguiente vez que empiece el autoincrementable empezará en el 1001, 1002, etc.
Suerte!