No entiendo qué es lo que quieres:
a) Deseas instalar Windows y eliminar por completo linux
En ese caso, deberás instalar Windows sin más, pero... No es tan sencillo, puedes tener problemas con los sistemas de ficheros que Windows no "entiende", así que te recomiendo leer
éste documento del soporte técnico de la propia Microsoft.
b) Deseas instalar Windows en una partición de tu ordenador, sin eliminar linux.
En éste caso deberás hacer sítio a Windows, es decir, crear una partición donde será instalado Windows (si no la tienes ya), y formatearla con el sistema de ficheros que elijas (NTFS o VFAT). Para realizar ésta tarea te recomiendo
QtParted.
Una vez hecho ésto, lo que dice
Acron_0248 es cierto, pero me parece mucho más prudente que antes de instalar Windows, instales GRUB en un disquete (
grub-install /dev/fd0).
Después de instalar Windows, arranca Linux con el disquete, configura el menú de grub (en
/boot/grub/menu.lst) para añadirle la entrada Windows (si no sabes cómo, teienes un ejemplo en
/usr/share/doc/grub/examples/menu.lst).
Una vez hecho ésto, tan sólo te queda reinstalar GRUB en el MBR, con el comando
grub-install /dev/hda y disfrutar de tus dos sistemas operativos.
Saludos.