Pero .. estás usando ya algún método para obtener tus mensajes del servidor? .. conoces como los almacena un servidor POP o IMAP? .. En general .. todo mensaje en un servidor se le asigna un identificador (si te fijas en las propiedades de un e-mail cualquiera veras una cabecera tipo: Message-ID: <003401c5da1b$bfc72a00$7fc88ba8@usuario>) así que por ahí ya tendrías un dato que es único para localizar cierto e-mail .. supongo que cuando accedas a leer tus e-mail's por algún protocolo POP/IMAP obtendrás esa información por cada e-mail o equivalente.
Tal vez te vendría bien leer sobre el protocolo POP/IMAP/SMTP para que veas todo eso más claro (por mi parte no llego a tanto ..sólo lo conozco de "oidas" todo lo referente al tema) .. En la documentación de PHP sobre IMAP ahí se mencionan:
http://www.php.net/imap
Un saludo,