Guardar el valor de una lista desplegable

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No puedes mezclar el código php con el javascript ya que uno se ejecuta del lado del servidor y otro del lado del cliente. Digamos que lo que tú hagas en el navegador no lo puede saber el servidor y actuar en consecuencia. Así pues tendrías que hacer un submit del formulario y después recoger el valor de la opción seleccionada por el usuario. También tienes la posibilidad de usar "remote scripting". Si haces una búsqueda en forosdelweb encontrarás muchos ejemplos de como hacerlo con esa técnica.