Al fin encontre la solucion de mi problema. Se trataba de una seguridad que implemente la version de MySQL 4.1 donde cambia el sistema de login por passwords comunes en cuentas de MySQL. Por esto, para crear una cuenta con una password valida y asi poder logear en PHP sin problemas, debes cambiar tu password por consola de la siguiente forma:
c:\mysql\bin> mysql -h localhost -u usuario -p password;
* usando su host y cuenta correspondiente
mysql> SET PASSWORD FOR
-> 'usuario'@'localhost' = OLD_PASSWORD('nuevo_password');
Asi entonces, no existira el problema que tenia cuando intentaba conectarme a la base de datos por PHP.
Espero que esto sirva para algunos otros novatos en MySQL
