Si es que a veces me explico como el cu...., en fin a ver si con un ejemplo:
Código PHP:
<HTML>
<HEAD>
<TITLE>numero con separador de miles...</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<?
//Conexion con la base
mysql_connect("localhost","tu_user","tu_password");
//Ejecutamos la sentencia SQL
$result=mysql_db_query("ejemplo","select * from tabla");
//Mostramos los registros
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
echo number_format($row['numero'],2,",",".");
?>
</BODY>
</HTML>
number_format($row['numero'],2,",",".");esto te genera un numero con
2 decimales, el separador de decimales sera la coma
,, y el separador de miles el punto
..
Para mas informacion mira
http://es.php.net/manual/es/function.number-format.php.
A ver si ahora me explique mejor.
Saludos.