Pero .. a ver ..
Tu estás en una conexión FTP ya (establecida por las funciones ftp de PHP:
www.php.net/ftp)
O sólo quieres borrar un directorio (completo con archivos incluido) del servidor donde ejecutas también PHP y tus scripts PHP?
En cualquier caso .. no hay funciones "recursivas" nativas de PHP para hacer eso (ni por FTP ni por funciones de archivos directas) .. pero si que tienes un montón de soluciones al respecto en la misma documentación de PHP donde se combinan várias funciones para conseguir tu objetivo. Pero, antes .. tendrías que aclarar si lo tienes que hacer por FTP o no es necesario.
Un saludo,