Estructura

[Cluster]

Es muyy tipico que los proveedores de Hosting suelan dar solo una Base de datos por sitio.

Tambien es tipico "apañarselas" con solo una base de datos. Esto acelera las consulas, pues conectas solo a una base de datos y haces consultas a tablas de la misma sin estar saltando de Base de datos en Base de Dtos. De todas formas se pueden usar las que necesites, esto organiza la presentacion de los datos.

Aqui tienes algunas lecturas sobre el tema:

Bases de datos, conceptos Genericos y diseño:
http://www.lawebdelprogramador.com/temas/tecdiseno.php
http://www.programacion.net/cursos/bdatosweb/

SQL, lenguaje de consultas usado por BD:
http://www.desarrolloweb.com/manuales/9/
http://www.lobocom.es/~claudio/sql.html
http://www.webexperto.com/manuales/sql/

Y .. bueno ya que estamos en el foro PHP y lo tipico suele pasar por usar como motor de base de datos Mysql:
http://www.mysql.com/doc/ (el manual oficila de referencia, Ingles)
http://otri.us.es/recursosPHP/manual/index.htm (en castellano+php)

Un saludo,